Amiralitetskollegiet förlorade en del av sitt direkta inflytande över örlogsflottan 1773, då nya instruktioner fastställdes. Bl.a. fick varvsamiralen i Karlskrona speciella befogenheter. År 1776 flyttade Amiralitetskollegiet från Karlskrona till Stockholm. År 1780 tillkom Generalamiralsämbetet och varvsamiralen i Karlskrona underställas generalamiralen, från 1784 överamiralen. (Utforlig historik finns i Amiralitetskollegiets historia del II och i Karlskrona örlogsvarv del 1.) I januari 1995 har en ny arkivförteckning upprättats. Härvid har arkivet behållits som ett delarkiv under Amiralitetskollegiet och volymindelningen har bibehållits med följande undantag: från Sheldoniana VII har tre fasciklar 81720-1728, 1723 och 1725) överförts till Sheldoniana I. dessutom har handlingar överförts från Nya nummerserien 464 och 465 och ordnats som serie E.