Avskrifter från Kungl. Antikvitetskollegiets arkiv 1347-1513. Diverse handlingar bl.a. jordfästningar av församlingsbor 1698-1813, bevis att Maria Isaksdotter bevistat gudstjänster i Storkyrkan 1707, kyrkoherde Swen Caméns erhållande av 250 tunnor spannmål 1720, skrivelser rörande skilsmässor 1734-1742.
Domar och resultioner 1637-1689, odat. Handlingar rörande kyrkoplikt 1651-1740, odat. Reglemente för en "Fattig-Scholae-Inrättning" i Storkyrkoförsamlingen 1798. Utdrag av brandvaktskassans taxeringslängd 1837-1864. Ringares debetsedlar 1852-1859. Brev och anteckningar rörande porträtt av kyrkoherdar i Storkyrkan 1895-1909. Brev till pastor F. Fehr från Stockholms kristna sedlighetsförening odat. Stadgar och tillståndsbok för församlingens barnkrubba 1898-1899. Kvittenslistor på erhållna böcker 1914-1923. Missionssyföreningens handlingar och räkenskaper 1938-1956. Kristidshandlingar 1940-tal.
Handlingar rörande Hans Nilsson (gården Näs i Rö socken) ca 1625-1683, Gudmund Kåhre ca 1553-1687, Jakob Friese ca 1678-1679, Tunberg ca 1684-1695, Anders Engberg 1600-talet samt diverse personer i alfabetisk sorteringsordning.
Vers om kandidaterna till pastorssysslan 1781 (skänkt av Bror Axel Ulrich 1919). Pastor primarius Abraham Zacharias Petterssons jordfästning 1857. Protokoll, insamlingslistor och räkenskaper rörande minnesvård till pastor primarius Fredrik Fehrs grav 1895-1898. Minnesgåva till kyrkvärden J. Martin Eklund 1923. Nikolai församlingsbibliotek, litteraturlista odat. Minnesvård över pastor primarius Nils Widner grav 1942. Brev och övriga handlingar rörande insamlingen "Kvinnorna kring kyrkan" 1953-1965. Ekumenska jubileet 1965. Konfirmationskort odat (troligen 1950-tal). Konung Carl XVI Gustafs vigsel i Storkyrkan 1976 (med fotografier, se även volym 14). Barnteckningar odat.
Handlingar rörande installationer av pastor primarius: Fredrik August Fehr 1884, Johan Fredrik Håhl 1897, Nils Widner 1921, Olle Nystedt 1943 (med fotografi), Åke Zetterberg 1959, Åke Kastlund 1970, Lars Axel Carlzon 1972, Gösta Wrede 1986, Ludvig Jönsson odat.
Handlingar rörande Mäster Olofs scoutkår 1945-1968, med luckor.
Arkivexemplar av "S. Nikolai eller Storkyrkan i Stockholm" konsthistorisk inventarium utgiven av Sigurd Curman & Johnny Roosval på uppdrag av Storkyrkoförsamlingen 1924 "Sveriges kyrkor konsthistoriskt inventarium" utgiven av Sigurd Curman & Johnny Roosval 1927.
Gåvobrev från Sällskapet Par Bricole rörande ett antependium som sällskapet skänkt till kyrkan och som användes första gången vid deras minnesgudstjänst 1933-11-12.