Andra världskrigets utbrott medförde omedelbart behov av åtgärder från statens sida för att så väl som möjligt upprätthålla kommunikationerna. Den 6 september 1939 tillsattes Statens sjöfartsnämnd, som skulle handlägga ärenden om förbud mot överlåtelse av fartyg och utrikes fraktfart med svenska fartyg, exportförbuden för skeppsförnödenheter m.m. (instruktion SFS 1939:641). Den 22 september tillsattes Statens transportkommission, som skulle verka för en samordning av landets transportväsen och ha hand om de regleringar av inrikes transporter, som kunde bli aktuella (instruktion SFS 1939:964). Den 1 augusti 1940 slogs dessa myndigheter samman till Statens trafikkommission i syfte att uppnå en bättre samordning inom hela transportsektorn (instruktion SFS 1940:747).
Trafikkommissionen organiserades efter hand på sektioner för skilda trafikslag. En särskild byrå var 1940-41 inrättad för administrationen av transitotrafiken över Petsamo, vilken senare överfördes till ett statligt bolag. Som medhjälpare till kommissionen stationerades från 1944 länstrafikledare hos länsstyrelserna.
Sektionen för sjöfartsärenden avskaffades vid årsskiftet 1949/50 och ansvaret för återstående frågor fördes över till Valutakontoret och Statens handels- och industrikommission. Trafikkommissionens övriga verksamhet upphörde i januari 1950.