Det finns arkiv som inte passar in i den kronologiska indelningen av FMV:s arkivbildning. Detta är framför allt arkiv som redovisar en verksamhet som inte varit knuten till en särskild organisatorisk enhet eller en särskild period, eller arkiv där arkivserierna hållits samman trots organisationsförändringar. I denna del av arkivet finns också arkiv där det inte har varit möjligt att ordna handlingarna inom de organisationer i vilkas verksamhet de uppkommit. Dessa arkiv har hållits samlade utifrån handlingstyp eller utifrån ämne. Projektarkiven utgör en växande del av dessa arkiv eftersom en stor del av FMV:s verksamhet sker i projekt som bedrivs över organisationsgränser, både inom och utom FMV.
De arkiv som benämns som projektarkiv är inte alltid renodlade sådana utan beskriver en verksamhet som bedrivits kring en viss materieltyp under lång tid som t ex arkivet SAAB 37 Viggen med föregångare.
Alla ämnesordnade arkiv/projektarkiv finns inte samlade i denna del av arkivet. Vissa finns arkiverade hos den avdelning inom vilken projektverksamheten bedrivits.