Initiativet till bildandet av Militärfysiska institutet togs 1939 när föreståndarna för landets fysiska institutioner sammanslöts för att effektivare utnyttja den fysiska forskningens resultat för militära ändamål. Militärfysiska institutet upprättades 1940 av Svenska nationalkommitten för fysik och året efter anslogs statsmedel för verksamheten. Forskningen inom MFI inriktades på framtagandet av nya försvarsvapen. Det gjordes bl.a undersökningar av den militära användningen av infraröd strålning samt problemen med riktad sprängverkan. Ett område på Södertörn vid Grindsjön, donerades av A. Arrhenius på vilket institutet byggde en försöksstation för verksamheten. MFI uppgick i avdelning 2 i samband med bildandet av Försvaretsforskningsanstalt den 1.7-1945.