Tanken på en samlad ledning för hela den svenska järnhandeln aktualiserades flera gånger under 1600-talet och början av 1700-talet. Den kom åter i förgrunden under 1730-talet, då järnhanteringen mötte ökade svårigheter på grund av växande utländsk konkurrens, en oförmånlig prisutveckling och problem med kreditförsörjningen. Vid 1742-43 års riksdag ingav Anders Bachmansson, 1743 adlad Nordencrantz, till sekreta utskottet förslag om åtgärder till bergshanteringens främjande, bl.a. genom att inrätta ett järnkontor. Efter omfattande diskussioner, förhandlingar och organisationsarbete avgjordes frågan vid riksdagen 1746-47. Kungl. Maj:t utfärdade den 27 december 1747 ett reglemente för Jernkontoret i enlighet med det förslag som lämnats i en skrivelse från sekreta utskottet.
Den främsta åtgärden under inledningsperioden var att tillförsäkra järnproducenterna räntefria lån på vågfört järn, varigenom säljarna inte skulle behöva pressa priset för att få loss kontanter och rörelsekapital. Kontoret skulle också kunna köpa svenskt järn för att höja och reglera priset. Köparna av järn skulle vid stapelstadsvågarna betala 1 daler kopparmynt till Jernkontoret för varje skeppund. Därmed finansierade Jernkontoret både sin verksamhet och uppbyggnaden av med tiden betydande fonder.
Efter hand blev samtliga svenska järnverk delägare i Jernkontoret. Delägarna bildade tillsammans brukssocieteten. Fullmäktige i Jernkontoret var från början fyra till antalet, valda av bruksägarna för tre år i sänder.
Även manufakturidkarna anslöts snart till Jernkontoret. 1752 intogs försäljningen av vissa grövre järnmanufakturer som bultjärn, band- och knippjärn, takplåtar på försök i Jernkontorets verksamhet. 1756 vidgades området till att gälla all järnmanufaktur, manufakturägarna fick rätt att bli medlemmar av brukssocieteten och välja en särskild representant till Jernkontorets fullmäktige.
Mössornas seger 1766 medförde inskränkningar i Jernkontorets verksamhet men den nya organisationen varade endast till 1769 då ett nytt reglemente fastställdes. Detta innebar bl.a. att ständerna överlämnade åt bruksägarna att själva besluta om formerna för kontorets verksamhet. Riksdagarna upphörde därmed att ta direkt befattning med kontorets förvaltning.
1769 års reglemente blev normgivande under lång tid. De viktigaste funktionerna bibehölls: att verka för skäliga priser på järn av olika slag, eventuellt genom stödköp på exportmarknaden, samt att underlätta järnhandelns finansiering genom lån. Jernkontoret betalade dessutom ut vissa exportpremier.
På 1760-talet hade Jernkontoret fått rätt att också bedriva egen lånerörelse och denna reglerades 1769/70. Det fanns tre huvudformer för kontorets utlåning. S.k. stående lån var avsedda som understöd till bruksägare efter större eldsvådor, vattenskador eller till viktigare tillbyggnader. De var beräknade för längre betalningsterminer. Förlagslån lämnades mot pant av järn och diskontlån mot sedvanlig accept. Dessa båda låneformer var ämnade att för kortare tid understödja bruksägare, som mötte svårigheter att få sin tillverkning såld.
Redan tidigt insåg man också att själva tillverkningen av järnprodukter måste vidareutvecklas. 1751 års bruksägarmöte beslöt därför att ett årligt anslag av kontorets medel skulle anslås till kunskapers samlande. Början till kontorets reseanslag var därmed gjord. Vidare önskade man samla modeller av intresse för järnhanteringen. Förbättrade metoder för kolning, masugnsrörelse, smide och andra tekniska grenar av brukshanteringen skulle stimuleras. 1751 anställdes en övermasmästare för att utföra experiment rörande masugnsdriften. År 1753 anställdes två direktörer för järn- och stålmanufakturerna, den ena för det finare järn- och stålsmidet, den andra för det grövre s.k. svartsmidet. Detta var början till den tekniskvetenskapliga rådgivning och forskning, som bidragit till Jernkontorets centrala ställning inom svensk järnhantering.
Direkt upphandling av järn för kontorets räkning skall ha förekommit sista gången 1780. Direkta lån utgjorde då sedan länge kontorets främsta metod att understödja behövande bruksägare. Länge höll kontoret sträng åtskillnad mellan stångjärnsfonden, som var reserverad för stångjärnsverksägare och manufakturfonden ur vilken manufakturverksägare fick låna. År 1842 slogs emellertid de båda fonderna samman till Jernkontorets gemensamma fond.
Även utvecklingsarbetet på järnhanteringens område växte kraftigt sedan Jernkontoret 1769 blivit fullt självständigt. Fasta institutionella anstalter skapades och tillfälliga uppslag och åtgärder uppmuntrades. De senare kunde ibland övergå i permanenta företag.
Under slutet av 1700-talet tillkom således tre befattningar, en direktör för stångjärnssmidet (1778), en bergsmekanikus (1779) och en direktör över tackjärnsblåsningen (1780). Bergsmekanikersysslan blev början till Jernkontorets s.k. mekaniska stat med stationer i Avesta, Eskilstuna, Falun och Karlstad, vilken ägde bestånd till 1865. Direktörsbefattningen för stångjärnssmidet 1789, direktörer över tackjärnsblåsningen fanns till 1839 och över järn- och stålmanufakturerna till 1826 resp. 1835.
Då hade dock ännu en stat tillkommit, översmedsmästarestaten från 1826. Den bestod av två översmedsmästare eller smidesdirektörer som under sig hade elever, smidesverkmästare och hammarsmeder. Elevtiteln byttes 1838 både inom denna stat och övermasmästarestaten mot benämningen stipendiat. 1859 sammanslogs dessa båda stater till den s.k. metallurgiska staten med sex direktörer för var sitt distrikt. 1865-67 sattes denna organisation på indragningsstat. Samtidigt beviljades ett större årligt anslag till belöningar åt stipendiater och till arvoden åt unga män som ville förkovra sig i metallurgi, järnförädling, bergsmekanik och gruvbrytning.
Till de fasta institutioner, som Jernkontoret främjade, hörde bergsskolorna. Bergsskolan i Falun tillkom på Bergskollegiets initiativ år 1822 men redan året därpå beslöt brukssocieteten att anslå medel. Bidraget utgick tills Bergsskolan 1869 flyttades till Stockholm och förenades med Kungl. teknologiska institutet. De lägre berggskolorna i Filipstad (1830-) och i Falun (1870-) fick ekonomiskt stöd av Jernkontoret.
Jernkontoret ingrep även på skogsvårdens område och ett särskilt skogsinstitut organiserades på 1840-talet; det lades dock ned 1860. Kolningen befordrades bl.a. genom att Jernkontoret fr.o.m. 1872 gav understöd åt en kolarskola vid Lundsberg i Värmland.
1769 års reglemente blev normgivande för verksamheten ända till 1868, då ett nytt reglemente stadfästes av Kungl. Maj:t den 20 maj. Det innebar en omorganisation men Jernkontorets grundläggande målsättning ändrades dock inte. Enligt det nya reglementet borde kontoret medelst försträckningar till societetens ledamöter samt genom anslag eller annorledes i vetenskapligt eller tekniskt hänseende ... understödja och befrämja den inländska järnhanteringen.