Genom Kungl. Maj:ts beslut den 6 februari 1630 inrättades en överstyrelse för bergverken under namn av Generalbergsamtet, även kallat Bergsämbetet. Först den 14 februari 1637 fick verket en fullständig organisation. Då blev riksrådet Karl Bonde dess ordförande och fyra assessorer tillsattes. Samtidigt anställdes sekreterare, kamrerare eller kassaförvaltare, notarie eller bergsskrivare samt riks- eller myntguardie (övervakade mynttillverkning och kontrollerade guld- och silverarbeten), generalkonstmästare (även benämnd överstekonstmästare, konstmästaren vid Sala gruva) och markscheider (gruvmätare). År 1640 tillsattes en advokatfiskal och 1649 en ordinarie aktuarie. Den 6 juni 1649 ändrades namnet till Bergskollegium. Bergskollegium fungerade som centralt ämbetsverk med tillsyn över den svenska bergshanteringen (gruvnäring och metallförädling) och med uppgift att döma i överklagade mål från bergstings- och gruvrätterna. De särskilda domstolarna, bergsordningarna och en regional organisation med ett antal bergmästardistrikt var viktiga instrument för kollegiets styrande och kontrollerande funktion. 1651 infördes titeln president för ordföranden och två av assessorerna erhöll 1713 titeln bergsråd. Under 1700-talet inrättades ett laboratorium chemicum och ett laboratorium mechanicum med var sin föreståndare.
1816-17 överflyttades en stor del av Bergskollegiets finansförvaltning till Statskontoret. Domsrätten upphörde 1828 och överfördes till de allmänna domstolarna. Enligt instruktionen den 28 december 1832 bestod Bergskollegium av president, bergsråd, sekreterare, aktuarie/registrator och kanslister samt ett advokatfiskalskontor och ett markscheiderkontor med särskilda tjänstemän.
De ovan nämnda laboratorierna drogs in när Falu Bergsskola och Teknologiska institutet hade inrättats. Det sistnämnda övertog Bergskollegii modellsamling. Proberingen och mineralkabinettet sammanfördes med Kungliga myntet och Kontrollverket 1829/36.
Bergskollegiets historia speglar tydligt skilda uppfattningar om förhållandet mellan staten och näringslivet. Det tillkom under en period präglad av merkantilistiska idéer, då kronan aktivt stödde exportnäringarna, särskilt bergshanteringen på grund av dess centrala betydelse för statsfinanserna. Genom en detaljerad styrning och kontroll sökte man underlätta bergsbrukets expansion och säkerställa produktionens kvalitet. Handeln reglerades noggrant i syfte att ge maximalt ekonomiskt utbyte för staten. Kontrollpolitiken fortsattes under 1700-talet, med begränsning av produktion och handel som ett återkommande medel att hålla priserna uppe. Med naturvetenskapens utveckling tillkom från slutet av 1600-talet ett nytt element i verksamheten. Genom att bedriva och understödja forskning och utvecklingsarbete, studieresor och kunskapsspridning strävade kollegiet efter att utveckla näringens teknologi och göra nya rön kända.
Med liberalismens insteg i början av 1800-talet ifrågasattes hela övervakningssystemet och det blev så småningom omöjligt att upprätthålla. Bergsbruksprivilegierna upphörde liksom de särskilda domstolarna. Kollegiets advokatfiskals- och markscheidertjänster drogs in 1855, och 1857 upplöstes Bergskollegium. De återstående funktionerna övertogs av Kommerskollegium, där en särskild bergsavdelning inrättades.
Särskilda företag som drivits med Bergskollegium som huvudman
1739 inköptes för statsverkets räkning en fyndighet i Ökna socken, Jönköpings län. Den bröts för kronans räkning i konkurrens med andra intressenter som bildat Ädelfors guldverk. Den privata societeten lade ner driften på 1740-talet, medan kronan utvecklade verksamheten och anslog understöd till den från åtskilliga socknar.
Pauliströms bruk inlöstes år 1773 och lades under Bergskollegium. Det ekonomiska utbytet var dock klent och 1800 utarrenderades verket på 30 år. Efter processer med arrendatorn lades dock verket ned genom kungl. brev den 2 november 1824.
Hällefors silververk
Hällefors silverfyndighet upptäcktes 1638 och silververket drevs till 1646 för kronans räkning. Därefter drevs det av privata intressenter, 1686-1731 av ett bergslag. 1731 ödelades gruvan.
Älvdalens porfyrverk
Porfyrförekomsten i Älvdalens socken i Dalarna hade länge varit känd då den 1788 började brytas. Porfyrverket inköptes 1818 av Karl XIV Johan och var i kungafamiljens ägo till 1856. Verket drevs med vissa avbrott till 1980.