Bollnäs församling har medeltida ursprung. Områdena Annefors och Katrineberg har haft en särställning med egen kyrkobokföring. Annefors hade egen kyrkobokföring 1843-1971 och Katrineberg hade egen kyrkobokföring 1870-1971, se Annefors kyrkoarkiv och Katrinebergs kyrkoarkiv.

Annefors och Katrineberg har tidvis betraktats som kapellförsamlingar till 1922 och därefter som kyrkobokföringsdistrikt. Den formella statusen för områdena har dock varit oklar. I Katrinebergs kyrkoarkiv ingår avskrifter av husförhörslängder från Hanebo församling och Bollnäs församling.

Bollnäs församling har utgjort eget pastorat till och med 1994. Annefors och Katrineberg har ingått i pastoratet. 1995 bildar Bollnäs församling och Rengsjö församling ett pastorat och kyrklig samfällighet. Den kyrkliga samfällighetens handlingar ingår i Bollnäs kyrkoarkiv.

Bollnäs köping (1906-1941) och Björkhamre köping (1923-1941) bildade 1942 Bollnäs stad.

Enligt beslut överfördes 1908 delar av Ostansjö från Bollnäs församling till Hanebo församling.

Följande byar finns över tid i olika församlingar.
Kyrvidsåsen (Körvitsåsen), nu i Rengsjö, upptages i Bollnäs A I:2-4, 7-8, 10, 12, 14.
Grannäs, nu i Alfta, upptages i Bollnäs A I:2-5, 9, 11, 13, 15.
Kölsjöbo, nu i Alfta upptages i Bollnäs A I:2-5, 9,11, 13, 15.
Katrineberg upptages i Åmot A I:1 samt i Hanebo A I:1-2, 3a-9a, 10b.
Lillbo upptages i Hanebo A I:3a-9a, 10b.
Holmbo upptages i Åmot A I:1.
Gammelåsen upptages i Åmot A I:2-
Enligt länsstyrelsens utslag 1894 har Katrineberg nr 1, Torpet nr 1-2 samt Lillbo nr 1-2 i Bollnäs överförts till jordeboken för Ockelbo socken.