Hudiksvalls församling utbröts i samband med stadens bildande 1582 från Hälsingtuna församling (församlingen benämndes fram till 1885 Tuna församling).

Församlingen ingick i gemensamt pastorat med Hälsingtuna församling 1582-1584 för att därefter fram till 1651 bilda eget pastorat. Från och med 1651 bildade Hudiksvalls församling (moderförsamling) och Idenor församling gemensamt pastorat.

Enligt kungligt brev den 12 oktober 1894 överfördes vissa hemman i Håsta samt lägenheterna Kyrkorödjningen och Jungfrudal till Hudiksvall.

Enligt kungligt brev den 12 oktober 1894 räknas till Hudiksvall öarna Bålsön, Drakön och Kråkön av vilka de två sistnämnda tidigare varit upptagna i Hälsingtuna jordebok.

Enligt kungligt brev den 29 oktober 1897 överfördes i ecklesiastikt och
kommunalt avseende en del av Ullsäter från Hälsingtuna församling till Hudiksvalls stad.

Enligt kungligt brev den 28 oktober 1910 införlivades Åviks inom Hälsingtuna och Idenors socknar belägna municipalsamhälle fr.o.m 1911 införlivat med Hudiksvalls stad. Invånarna i området blev redan under år 1910 utskrivna från respektive församlingar och kyrkoskrivna i Hudiksvall.

Pastoratets handlingar är införtecknade i Hudiksvalls kyrkoarkiv.

Hudiksvalls församling och Idenors församling bildade 1992 en kyrklig samfällighet. Samfällighetens handlingar är införtecknade i Hudiksvalls kyrkoarkiv.