Njutångers församling bildades under medeltiden. Ur församlingen bröts Nianfors församling ut 1798. Till Nianfors församling fördes även delar av Enångers, Forsa och Arbrå församlingar. Nianfors församling uppgick den 1 januari 1985 i Njutångers församling.

Njutångers församling ingick i gemensamt pastorat med Enångers församling (moderförsamling) från medeltiden till den 1 maj 1915. I pastoratet ingick från och med 1798 även Nianfors församling.

Den 1 maj 1915 bildade Njutångers församling (moderförsamling) och Nianfors församling pastorat. Gemensamma handlingar för pastoratet, t.ex. protokoll från 1933, ingår i Njutångers kyrkoarkiv. Nianfors och Njutånger bildade 1960 en kyrklig samfällighet med gemensam ekonomi. Protokoll och räkenskaper tillhörande samfälligheten är införtecknade i Njutångers kyrkoarkiv.

Efter församlingssammanslagningen 1985 utgjorde Njutångers församling eget pastorat till och med 1995 när församlingen bildade pastorat med Enångers församling. Njutånger var moderförsamling. Samtidigt bildade församlingarna en kyrklig samfällighet. Pastoratets och kyrkliga samfällighetens handlingar ingår i Njutångers kyrkoarkiv.

I Njutångers husförhörsböcker upptas:
t.o.m. 1798 Björsäter, senare i Nianfors församling
t.o.m. 1798 Redsjö (Rigsjö), senare i Nianfors församling
1763-1765 Fuskås, senare i Enångers församling

I Nianfors förhörsbok upptages fr.o.m. 1838 Nilsbacka, tillhörande Njutångers församling.