Ovanåkers församling utbröts 1639 ur Alfta församling. Från Ovanåkers församling utbröts 1759 Voxna församling.

Församlingen utgjorde ett eget pastorat 1639-1759 för att 1759-1775 utgöra moderförsamling i ett pastorat med Voxna församling. 1775-1972 utgjorde församlingen åter ett eget pastorat för att från och med 1973 igen utgöra moderförsamling i ett gemensamt pastorat med Voxna församling. Församlingarna bildade den 1 januari 1974 en kyrklig samfällighet med gemensam ekonomi. Samfällighetens handlingar är införtecknade i Ovanåkers kyrkoarkiv.

Enligt kungligt brev den 30 oktober 1845 överfördes Kvarnbergs by med angränsade nybyggen till Los församling.

Enligt kungligt brev den 15 februari 1884 överfördes Karsbo, som i kyrkliga och kommunalt avseende tillhörde Ovanåker, i jordeboken från Alfta socken till Ovanåkers socken. Samtidigt överfördes följande hemman från Ovanåkers husförhörslängd till Alfta husförhörslängd, till vilken socken de i alla avseenden hörde: Grytbo, Lindå, Gårdsjömyrbacken, Skräddarebo samt Stormyra.

Enligt kungligt brev den 18 april 1884 överfördes från Ovanåkers församling till Voxna församling Mattsmyra kapellag som omfattade Norra Svensbo, Södra Svensbo, Vintjärn, Mattsmyra (Matsmyra), Södra Blomberg, Norra Blomberg, Spjutsmyra, Hylberg, Standkilarna (Lokilarna), Lobonäs, Gropabo, Nybo, Stugslott, Räkarklitt. Av dessa upptas Svensbo, Gropabo och Nybo i Los husförhörslängder A I:1-5.

Enligt kungligt brev den 31 december 1887 överfördes följande hemman, som kyrkligt och kommunalt tillhörde Los, i jordeboken (och husförhörsboken) från Ovanåker till Los: Grästjärn, Hässjaberg, Nybyn, Samuelsfallet, Lekstrand, Mansjö, Mansjöhed och Kvarnberg. Av dessa upptas Kvarnberg i Lis A I:1 och Hässjaberg i Los A I:1-5.

Enligt kungligt brev den 31 januari 1896 överfördes från Ovanåker till Los Kronkilen, Hemmyrberget och Långvattnet västra.

Nässäter liksom Karsbo finns upptagna i Alfta husförhörslängder, men har ansetts i vissa tider tillhöra Ovanåker.

I husförhörslängderna A I:1-2 och A I:10-13 förekommer Skräddarbo. Byn överfördes senare till Alfta församling.

Nybyggena Bjursjöberg, Bursjömyra, Homna, Älgnäs, Ödjungstorp förekommer fr.o.m. A I:10 respektive A I:12. Dessutom finns flera nybyggen som överförts till Los och Voxna.