Vänersborgs församling bildades samtidigt med Vänersborgs stad, som anlades 1642 och efterträdde staden Brätte. Vänersborg blev moderförsamling i Vänersborgs, Vassända, Naglums och (Väne-) Ryrs församlingars pastorat. Socknarna Vassända, Naglum och Ryr gick förr även under den gemensamma benämningen Vänersborgs landsförsamling. Vassända och Naglums församlingar sammanslogs 1888 till en församling: Vassända-Naglum.

Den 1/5 1919 utbröts Vassända-Naglums och Väne-Ryrs församlingar till eget pastorat med Vassända-Naglum som moderförsamling.

Den 1/1 1945 införlivades södra delen av Vassända-Naglum med Trollhättans stad medan norra delen införlivades med Vänersborgs stad, inom vilken den utgjorde egen församling till den 1/1 1947, då den förenades med Vänersborgs församling.

Från ingången av 1947 är Vänersborg moderförsamling i Vänersborgs och Väne-Ryrs församlingars pastorat och tillhör Skara stift och Älvsborgs län.

Vänersborg härjades av brand 1777, då kyrkan förstördes och 1834, då större delen av staden lades i ruiner. Sannolikt förstördes delar av kyrkoarkivet vid någon av dessa eldsvådor.