Anundsjö församling bildades i slutet på 1400-talet genom utbrytning från Själevads församling. 1648 lades Åsele lappmark som annex under Anundsjö.

Fr.o.m. den 1 januari 1941 indelades församlingen i två kyrkobokföringsdistrikt, Anundsjö kyrkobokföringsdistrikt (Anundsjö kyrkoarkiv) och Solbergs kyrkobokföringsdistrikt (Solbergs kyrkoarkiv). Indelningen gällde till den 30 juni 1991, när folkbokföringen fördes över till skattemyndigheterna. För information om vilka fastigheter som ingick i Solbergs kyrkobokföringsdistrikt, se Solbergs kyrkoarkiv.

Anundsjö församling utgjorde eget pastorat till och med 1997, med undantag av åren 1686-1700, då församlingen bildade som moderförsamling ett pastorat med Åsele församling.

Den 1 januari 1998 bildade Anundsjö församling (moderförsamling) och Skorpeds församling ett gemensamt pastorat. Samtidigt bildade församlingarna en kyrklig samfällighet. Samfällighetens handlingar är införtecknade i Anundsjö kyrkoarkiv.

1846 överfördes Rödvattnet från Åsele församling till Anundsjö församling, som därmed till en del kom att ligga i Västerbottens län. Under 1860-talet ändrades länsgränsen, så att Rödvattnet kom att tillhöra Västernorrlands län. 1868 överfördes från Åsele församling till Anundsjö församling Holmträsk, Lägsta, Mossaträsk, Solberg, Tjäl och Tjärn samt från Fredrika församling till Anundsjö församling Svartsjö, Holmsjön, Stavberg och Trehörningsjö. 1871 överflyttades en del av Holmträsk från Åsele församling till Anundsjö församling.

Hemmanet Degersjö nr. 1 överflyttades fr.o.m. 1890 under benämning Degersjöberg från Junsele församling till Anundsjö församling. Hemmanen N. Gultjärn 1, S. Gultjärn 2 och Hällby 1 överfördes 1894 från Anundsjö församling till Junsele församling. Kläppsjö by i Anundsjö fick enligt beslut 1861 i kyrkligt hänseende tillhöra Junsele, men i borgeligt tillhöra Anundsjö. Hemmanet Kläppsjö 1 överflyttades 1889 i kommunalt hänseende och i jordeboken från Anundsjö till Junsele socken.

Önskans by överflyttades 1863 från Anundsjö till Skorpeds socken. Ytterligare gränsändringar kan ha förekommit, men redovisas inte här.