Arjeplogs församling bröts ur Arvidsjaurs församling 1640. 1776 införlivades Silbojokk, som 1640 hade brutits ur Arvidsjaurs församling. Arjeplogs församling delades den 1 januari 1928 i två kyrkobokföringsdistrikt; Arjeplogs kyrkobokföringsdistrikt (Arjeplogs kyrkoarkiv) och Södra Bergnäs kyrkobokföringsdistrikt (se Södra Bergnäs kyrkoarkiv). Indelningen gällde till den 30 juni 1991, när folkbokföringen fördes över till skattemyndigheterna.

Arjeplogs församling utgjorde 1640-1700 ett eget pastorat. 1700-1743 bildade Arjeplog och Arvidsjaurs församlingar gemensamt pastorat, 1743-1776 utgjorde Arjeplog och Silbojokk ett pastorat. Från och med 1776 bildade Arjeplogs församling åter ett eget pastorat.

Vid Arjeplogs pastorats bildande lades även härunder samerna i Turpenjaur från Luleå lappmark samt Lais- och Gransamerna från Lycksele eller Umeå lappmark.

Enligt beslut 1837 överflyttades Arjeplogs och Arvidsjaurs lappmarksförsamlingar från Västerbottens till Norrbottens län. Nordanås och Fjällnäs krononybyggen i Arjeplogs socken fördes över 1868 till Sorsele i Västerbottens län. Nybyggena hade redan tidigare i kyrkligt avseende hört till Sorsele.

Den 15 juli 1867 arkivet brandskadat vid brand i prästgården och därför saknas vissa äldre handlingar.