Boteå församling bildades under medeltiden. På 1300-talet var församlingen eget pastorat, för att därefter till 1916 bilda pastoratet Boteå, Styrnäs, Överlännäs och Sånga. Mellan 1916 och 1961 utgjorde Boteå och Styrnäs församlingar gemensamt pastorat. Från 1962 utgjorde Boteå, Styrnäs, Överlännäs och Sånga församlingar åter gemensamt pastorat.

År 1704 anlades Gålsjö bruk inom församlingen och 1773 anställdes en predikant för bruket. Gålsjö bruk hade egen kyrkobokföring från 1774, se Gålsjö kyrkoarkiv. Gålsjö bruksförsamling, som formellt inte var en församling, kom att ha separat kyrkobokföring till 1991-06-30, när skattemyndigheten övertog folkbokföringen från kyrkan.

Tillsammans med övriga församlingar inom pastoraret bildar församlingen Boteå, Styrnäs, Sånga och Överlännäs församlingars pastorats arkiv som huvudsakligen innehåller handlingar från 1933-1999. I arkivet ingår dock handlingar före 1933, t.ex. handlingar om prästgårdar och räkenskaper. Innan 1962 ska arkivet egentligen bara innehålla handlingar om Boteå församling och Styrnäs församling, men handlingar om Sånga och Överlännäs finns dock även före det att de fyra församlingarna åter blev ett gemensamt pastorat 1962.

Handlingar hörande till Boteå kyrkoarkiv ingår i prosten Gunnar Åkerstedts samling, enskilt arkiv C:343.