Bygdeå församling har medeltida ursprung. I samband med att Burträsks församling bildades 1604 överfördes byarna Krokvattnet, Andersvattnet, Bygdsiljum, Lubboträsk och Gårckträsk från Bygdeå till Burträsk. Vid ungefär samma tid överfördes Vibbesmark till Lövångers församling.

Från Bygdeå församling avskiljdes 1624 Nysätra församling och 1799 Robertsfors församling.

Bygdeå församling delades den 1 januari 1930 i två kyrkobokföringsdistrikt; Bygdeå kyrkobokföringsdistrikt (Bygdeå kyrkoarkiv) och Överklintens kyrkobokföringsdistrikt (se Överklintens kyrkoarkiv). Indelningen gällde till den 30 juni 1991, när folkbokföringen fördes över till skattemyndigheterna.

Robertsfors bruksområde med omkringliggande byar omvandlades 1917 från en bruksförsamling till en särskild kapellförsamling. Robertsfors församling hade gemensam ekonomi och gemensamt skolväsende med Bygdeå församling.

Bygdeå församling utgjorde eget pastorat till 1624 och bildade därefter gemensamt pastorat med Nysätra församling och från 1799 även med Robertsfors församling. 1821 bildade Nysätra församling eget pastorat och Bygdeå och Robetsfors församlingar utgjorde därefter gemensamt pastorat. Vid mitten av 1900-talet bildade Bygdeå och Robertsfors även en kyrklig samfällighet.

Pastoratets och samfällighetens handlingar är införtecknade i Bygdeå kyrkoarkiv.

Den 9 oktober 1947 brann Bygdeå prästgård, varvid en del handlingar tillhörande kyrkoarkivet skadades eller förstördes. I Bygdeå kyrkoarkiv ingår flera volymer som inte kan användas p.g.a. brandskador.

Byarna Trågaliden, N. Stortjärn och Älglund överfördes från Burträsk till Bygdeå 1872, administrativt först från 1874.

Ivarsboda by tillhörande Bygdeå församling, åtnjöt från 1835 s.k. kyrkorätt i Sävar. Ivarsbodan 1 och 2 överfördes från 1891 även i kommunalt och i jordeboken från Bygdeå till Sävar. År 1902 överfördes Ivarsbodan 3 från Bygdeå till Sävar.

Från Sävar till Bygdeå överflyttades krononybyggena Södra Sönäs, Gräsnäs, Sävträsk och Ösjön enligt länsstyrelsens beslut 1869 och Kammarkollegiets stadfästelse 1870.

1870 överfördes hemmanen Slyberget, Lugnet och Skursjön från Bygdeå till Burträsk.

Från 1931 avskildes vissa smärre områden, ägolotter till hemmanen Norum 1 och 2 från Bygdeå och införlivades med Sävar.

I inskannad historik finns redovisat byar som finns upptagna i flera församlingars husförhörslängder.