Hanebo församling bildades under medeltiden. 1324 utbröts Skogs församling från Hanebo.

Hanebo församling och Segersta församling har sedan medeltiden bildat gemensamt pastorat. Fram till den 24 mars 1916 utgjorde Segersta församling moderförsamling i pastoratet. Därefter blev Hanebo församling moderförsamling.

Hanebo församling och Segersta församling bildade 1963 en kyrklig samfällighet som 1995 blev en total ekonomisk samfällighet. Innan dess finns också gemensamma protokoll från pastoratets kyrkofullmäktige och kyrkoråd. Pastoratets och kyrkliga samfällighetens handlingar är införtecknade i Hanebo kyrkoarkiv.

Del av Hanebo församling överfördes 1867 till Katrinebergs kapellförsamling.

Enligt kammarkollegiets utslag den 29 november 1881 har Hanebo församlings komministerboställe Kyrkbyn nr 14, som i kommunalt hänseende varit förenad med Segersta, helt överflyttats till Hanebo socken. Samtidigt överfördes hemmanet 5/32 mtl Nyänget nr 1 från Hanebo till Segersta kommun.

Genom kungligt brev den 16 november 1884 förklarades de s.k. Södra Segerstabyarna eller Acktjära nr 1-6, Böle nr 1-8 4, Granbo nr 1-7, Hårga nr 1-7 och Rotemo nr 1 , vilka förut i vissa avseenden tillhört Segersta socken, i sin helhet tillhöra Hanebo kommun.

Enligt länsstyrelsens utslag den 28 december 1894 har kronolägenheterna Stugbacken nr 2 och Raman nr 2 i Hanebo socken överförts till Ockelbo socken (jordeboken).

Enligt kungligt brev 2 augusti 1907 överfördes fr.o.m. 1908 delar av Östansjö från Bollnäs socken till Hanebo socken.

Enligt kungligt brev den 12 maj 1916 överfördes lägenheterna Flybo nr 1 under Präståsen och Flybo skogsanslag fr.o.m. år 1917 i judiciellt, administrativt, kommunalt och ecklesiastikt samt i jordeboken från Hanebo till Ockelbo socken och Åmots kapellförsamling.

Följande byar m.m. upptas i flera församlingars husförhörslängder.
Håkanbo, senare tillhörande Skogs församling, upptas i A I:1
Katrineberg, fr.o.m. 1867 kapellförsamling inom Bollnäs församling, upptas i A I:1, 2, 3a-9a, 10b
Lillbo, tillhörande Bollnäs socken, upptas i A I:3a-9a, 10b

Acktjära, upptas även i Segersta A I:1
Böle, upptas även i Segersta A I:1
Fagerlund, upptas även i Segersta A I:1
Granbo, upptas även i Segersta A I:1
Hårga, upptas även i Segersta A I: 1
Rotemo, upptas även i Segersta A I: 1