Haparanda stad anlades först som en köping 1827. Köpingen fick 1842 stadsrättigheter.

Nedertorneå och Haparanda ansågs utgöra skilda församlingar, men med gemensam kyrka. Haparanda benämns i kyrkböckerna för stadsförsamling. Särskilda husförhörslängder för Haparanda började föras 1836. Särskilda födelse-, vigsel- och dödböcker (s.k. ministerialböcker) för staden började föras på 1890-talet. Innan dess ingår de i Nedertorneå församlings kyrkböcker, se Nedertorneå kyrkoarkiv.

Kammarkollegiet meddelade efter utredning 1927 att Haparanda och Nedertorneå skulle anses vara en församling. Med anledning av det beslutet inrättades den 13 april 1928 inom Nedertorneå församling Haparanda kyrkobokföringsdistrikt.

Inom Nedertorneå församling fanns tre kyrkobokföringsdistrikt, Seskarö (1923-1976), Haparanda kyrkobokföringsdistrikt (1928-1976) och Nedertorneå kyrkobokföringsdistrikt (1928-1974). När Nedertorneå kyrkobokföringsdistrikt upphörde 1975 uppgick det i Haparanda kyrkobokföringsdistrikt. Haparanda kyrkobokföringsdistrikt upphörde i sin tur den 31 december 1976. För folkbokföringsuppgifter fr.o.m. 1977, se Nedertorneå-Haparanda kyrkoarkiv (1977-1999).

Haparanda kyrkoarkiv innehåller huvudsakligen folkbokföringshandlingar samt enstaka övriga handlingar. Övriga handlingar finns i Nedertorneå kyrkoarkiv (-1976)

När Haparanda köping anlades 1827 inköptes Krooks hemman nr 2 och ett nybruk under hemmanet Holm i Haparanda by, Nedertorneå socken. Genom avvittring på grund av kungligt brev 1834 blev Haparanda köping tillagd ytterligare jord. Denna förlades emellertid i kommunalt och administrativt hänseende  till Nedertorneå socken år 1905 enligt kungligt brev 1903. Samtidigt föreskrevs att vissa delar av hemmanen 1/3 mtl Krook nr 2 och 1/4 Haapaniemi nr 1 skulle, sedan de jämte stadens planlagda område, som utgjorde del av det förstnämnda hemmanet, blivit avsöndrade från stamhemmanen, framdeles uteslutas ur jordeboken och förläggas i kommunalt och administrativt avseende från Nedertorneå socken till Haparanda stad. Slutligen har enligt kungligt beslut 1919, vissa delar av Haparanda by inom Nedertorneå socken fr.o.m. år 1920 i administrativt, kommunalt och skolhänseende införlivats med Haparanda stad.