Harmångers församling bildades under medeltiden. Församlingen bildade som moderförsamling tillsammans med Jättendals församling ett gemensamt pastorat fram till och med 1961. Pastoratet utökades 1962 med Ilsbo församling, som tidigare ingått i ett pastorat tillsammans med Hälsingtuna församling och Högs församling. 1977 överfördes Ilsbo församling till ett gemensamt pastorat med Bergsjö församling.

Från 1962 bildar pastoratet ett särskilt arkiv; Harmångers, Jättendals och Ilsbo församlingars pastorats arkiv, från 1977 Harmånger och Jättendals pastorats arkiv. Ekonomihandlingar och vissa fastighetshandlingar ingår i arkivet. I arkivet ingår även gemensamma handlingar för pastoratet för tiden före 1962.

Genom kungligt brev överflyttades den 1 januari 1927 lägenheten Skolhustomten nr 1 från Harmångers församling till Rogsta församling.