Haverö församling tillkom under medeltiden och var under del av medeltiden annexförsamling till Borgsjö församling. Borgsjö och Haverö församlingar kom därefter, fram till 1562, att vara annexförsamlingar till Torps församling. Från 1562 bildade församlingen gemensamt pastorat med Ytterhogdals församling (moderförsamling).

Enligt beslut den 9 december 1812 blev Haverö församling eget pastorat. Beslutet trädde ikraft den 30 september 1818.

Genom kungligt brev den 9 januari 1689 fick Överturinge och Ytterturinge i Rätans församling kyrkorätt i Haverö. Genom kungligt brev den 15 mars 1890 överfördes området, då bestående av Hede nr 1, Kroknäs nr 1, Länstersjön nr 1 samt Turingen nr 1-6 samt Turinge avradsland eller Turinge kronopark även i jordeboksavseende till Haverö och Västernorrlands län.

Vissa byar finns upptagna i flera församlingars husförhörslängder:
Enåsen, senare tillhörande Ramsjö, förekommer i Haverö husförhörslängd A I:8-9, 11-12
Hällan, förekommer fr.o.m. A I:4
Kroksjö, förekommer fr.o.m. A I:4
Länstersjön, förekommer fr.o.m. A I:5
Märrviken, förekommer fr.o.m. A I:4
Nybo, förekommer fr.o.m. A I:6
Nybodarna, förekommer endast i A I:6
Skärsundsnäs, förekommer i A I:6-7
Torrflonäs, förekommer fr.o.m. A I:4
Årsundet/Årsund, förekommer i A I:2 samt A I:4-8