Holms församling bildades under 1300-talet genom utbrytning ur Lidens församling. Församlingen betraktades först som annexförsamling och senare kapellförsamling till Lidens församling. Enligt kungligt brev den 18 november 1864 förklarades Holms församling åter som annexförsamling.

Församlingen ingick först i ett gemensamt pastorat med Lidens församling (moderförsamling) för att under senare delen av medeltiden till och med 1889 bilda ett gemensamt pastorat med Indals församling (moderförsamling) och Lidens församling.

Den 15 mars 1889 ändrades pastoratsindelningen och Lidens församling och Holms församling bildade åter ett gemensamt pastorat med Liden som moderförsamling. Ca 1932 bildar de två församlingarna även en kyrklig samfällighet.

Lidens och Holms pastorat / kyrkliga samfällighet bildar ett eget arkiv, se Lidens och Holms kyrkliga samfällighets arkiv. I arkivet ingår pastoratets / samfällighetens protokoll, räkenskaper m.m. från cirka 1930-talet. Gemensamma handlingar för de två församlingarna kan också vara införtecknade i Lidens kyrkoarkiv.

Enligt länsstyrelsens beslut överfördes del av Östbyn 2:42 från Indals församling till Holms församling den 1 januari 1981.