Hälsingtuna församling bildades under medeltiden. Församlingen hette fram till den 17 april 1885 Tuna församling när församlingen bytte namn till Hälsingtuna. Församlingsnamnet stavades fram till 1909 Helsing Tuna.

1582 utbröts Hudiksvalls församling från Hälsingtuna församling.

Församlingen var moderförsamling i gemensamt pastorat med Idenors församling till 1651. Mellan 1582 och 1584 ingick även Hudiksvalls församling i pastoratet. Hälsingtuna församling utgjorde 1651-1918 eget pastorat. Den 1 maj 1918 bildade Hälsingtuna (moderförsamling), Hög och Ilsbo gemensamt pastorat. År 1962 bildade Hälsingtuna åter eget pastorat. Den 1 januari 1995 bildade Hälsingtuna församling (moderförsamling) och Rogsta församling gemensamt pastorat och kyrklig samfällighet.

I Hälsingtuna kyrkoarkiv ingår handlingar från de pastorat och den kyrkliga samfällighet som församlingen ingått tillsammans med andra, bland annat protokoll och ekonomihandlingar.

Enligt kungligt brev 12 oktober 1894 överfördes vissa till hemmanen hörande Håsta samt lägenheterna Kyrkorödjningen och Jungfrudal jordområden från Hälsingtuna till Hudiksvalls stad.

Enligt kungligt brev 12 oktober 1894 räknas till Hudiksvall öarna Bålsön, Agön, Drakön och Kråkön, av vilka de två sistnämnda varit upptagna i Hälsingtuna jordebok.

Enligt kungligt brev 29 oktober 1897 överfördes i ecklesiastikt och kommunalt avseende en del av Ullsäter från Hälsingtuna till Hudiksvalls stad.

Enligt kungligt brev 28 oktober 1910 införlivades Åviks municipalsamhälle inom Hälsingtuna och Idenor fr.o.m. 1 januari 1911 med Hudiksvalls stad.