Härnösands församling bildades 1586 genom utbrytning från Säbrå församling. Enligt vissa källor bröts församlingen ut från Härnö kapellförsamling, som även den ursprungligen tillhörde Säbrå församling.

Härnösands församling namnändrades den 10 augusti 1978 till Härnösands domkyrkoförsamling.

1845 utbröts ur församlingen Härnösands hospitalförsamling som den 1 januari 1892 återgick i Härnösands församling. Särskilda död- och begravningsböcker kom dock att föras även 1904-1967 för Härnösands hospital / Gådeå sjukhus, se Gådeå sjukhus kyrkoarkiv.

Härnö församling införlivades den 1 januari 1873 i Härnösands församling.

Härnösands församling ingick i ett gemensamt pastorat med Säbrå församling (moderförsamling) 1586-1589. Härnösands församling (moderförsamling) och Härnö församling bildade därefter ett gemensamt pastorat tills att den sistnämnda församlingen uppgick i Härnösands församling 1873. Därefter utgjorde Härnösands församling ett eget pastorat.

Särskilda husförhörs- och ministerialböcker samt befolkningsstatistiska tabeller lades upp för Härnö församling i början på 1800-talet. För tiden innan är handlingarna förkomna. Böckerna fördes till omkring tiden för när de två församlingarna lades samman. Volymerna som rör Härnö har fram till 1951 i landsarkivet utgjort ett eget arkiv, Härnö kyrkoarkiv. Vid ordnings- och förteckningsarbetet detta år förtecknade de två arkiven samman.

Härnösands pastorat och Säbrå pastorat blev 1647 prebende åt det då nyinrättade Härnösands stifts superintendenter (från 1772 biskopar). Prebendet ändrades 1808 genom att Stigsjö och Häggdångers församlingar avfördes från det och Nora pastorat lades till. 1888 avfördes även Säbrå pastorat från prebendet. 1913 upphörde det helt då församlingen fick sin första domprost.

Gådeåstaden överfördes 1892 från Säbrå församling till Härnösands församling.

Del av Bondsjö by överfördes 1900 från Säbrå församling till Härnösands församling. Bondsjöstaden och Änget överfördes från Säbrå till Härnösand 1922.

Del av stadsäga 120 och del av Kilen 3:2 överfördes från Härnösands domkyrkoförsamling till Säbrå församling och del av stadsäga 639A överfördes från Säbrå till Härnösand den 1 januari 1981.

Särskilda födelse- och dopböcker respektive död- och begravningsböcker fördes vid Härnösands lasarett / sjukhus 1905-1974.