Jokkmokks församling bildades 1607 när Luleå lappmark samt ytterligare några byar bröts ut från Luleå socken. 1696 bröts Kvikkjokks församling ur Jokkmokks församling. Den 11 november 1742 bröts Gällivare församling ur Jokkmokks församling.

Den 1 maj 1923 upphörde Kvikkjokks kapellförsamling. Istället delades Jokkmokks församling in i fyra kyrkobokföringsdistrikt; Jokkmokks, Kvikkjokks, Porjus och Puottaure kyrkobokföringsdistrikt. Den 1 november 1959 bröts ur del av Jokkmokks kyrkobokföringsdistrikt och del av Puottaure kyrkobokföringsdistrikt ytterligare ett kyrkobokföringsdistrikt, Vuollerims kyrkobokföringsdistrikt. För kyrkobokföringsdistriktens arkiv, se respektive kyrkoarkiv.

Porjus och Vuollerims kyrkobokföringsdistrikt omvandlades den 1 januari 1962 till egna församlingar.

Den 31 december 1975 upplöstes Jokkmokks, Kvikkjokks samt Puottaure kyrkobokföringsdistrikt inom Jokkmokks församling.

Jokkmokks församling utgjorde eget pastorat 1607-1617 för att därefter ingå i gemensamt pastorat med Luleå församling (moderförsamling). Åren 1693-1696 utgjorde församlingen åter eget pastorat för att därefter bli annexförsamling till Kvikkjokks pastorat fram till 1796. Jokkmokks församling blev därefter moderförsamling i pastoratet med Kvikkjokk som annexförsamling. Från den 1 maj 1923 blev Jokkmokk ett eget pastorat tills församlingsdelningen 1962. Jokkmokks församling (moderförsamling) och Porjus församling bildade därefter ett gemensamt pastorat.

1962 bildade Jokkmokks, Porjus samt Vuollerims församling en gemensam kyrklig samfällighet. Samfälligheten bildar eget arkiv, Jokkmokk, Porjus och Vuollerims församlingars kyrkliga samfällighets arkiv. I arkivet ingår bl.a. fastighets- och ekonomihandlingar.