Jukkasjärvi församling bildades 1606 som en kapellförsamling till Enontekis församling. Församlingen räknades till Torneå lappmark. Församlingen hette Simojärvi fram till 1673 när församlingsnamnet ändrades till Jukkasjärvi.

En del av Jukkasjärvis område överfördes 1745 till Gällivare församling.

På 1840-talet flyttades kyrkan och pastorsboställe till Vittangi (beslut enligt kungligt brev den 25 januari 1843), medan gudstjänst i Jukkasjärvi gamla kyrka bibehölls för lappallmogen. År 1912 flyttade pastorsbostället till Kiruna.

Kiruna tillkom i samband med att gruvbrytningen började omkring 1900. Orten blev 1908 municipalsamhälle och fr.o.m. 1948 stad, omfattande hela Jukkasjärvi församling.

Den 1 januari 1913 utbröts från Jukkasjärvi församling Vittangi församling som en kapellförsamling. Vittangi församling bildades av den östra delen av Jukkasjärvi församling, omfattande byarna Kuosko, Lainio, Masugnsby, Merasjärvi, Parakkavaara, Piilijärvi, Soppero (Lannavaara), Svappavaara, Sappisadsi (Tsitsavaara), Vittangi, Vuopio och de lägenheter som framdeles kunde uppstå nedanför odlingsgränsen. Vittangi hade rätt att med moderförsamlingen ha gemensam kyrklig ekonomi och gemensamt skolväsen. Församlingarna hade också gemensam kyrkostämma/kyrkofullmäktige och senare gemensam kyrklig samfällighet, se nedan.

Enligt kungligt brev 1918 kyrkoskrivas de till Talma, Rautusvuoma och Kaalasvuoma byalag hörande samerna fr.o.m. 1 maj 1919 i Jukkasjärvi gamla kyrkby.

Jukkasjärvi ingick tillsammans med Enontekis församling (moderförsamling) 1606-1614 i ett gemensamt pastorat. Mellan 1614-1673 ingick församlingen i ett pastorat tillsammans med Nedertorneå församling för att 1674 bilda ett gemensamt pastorat igen med Enontekis församling, nu med Jukkasjärvi församling som moderförsamling.

Jukkasjärvi församling bildade fr.o.m. 1748 ett eget pastorat. Efter Vittangi församlings tillkomst 1913 blev Jukkasjärvi (moderförsamling) och Vittangi församlingar gemensamt pastorat. 1949 delades pastoratet och Jukkasjärvi församling blev eget pastorat.

Jukkasjärvi och Vittangi hade gemensam kyrkostämma / kyrkofullmäktige från det att Vittangi församling bildades. I samband med att Vittangi bildade eget pastorat 1949 bildades Jukkasjärvi och Vittangi kyrkliga samfällighet. Fr.o.m. 1971 utökades samfälligheten med Karesuando församling. Samhälligheten hette Jukkasjärvi, Vittangi och Karesuando församlingars kyrkliga samfällighet. 1983 ändras namnet till Kiruna kyrkliga samfällighet.

Gemensamma handlingar för pastoratet / samfälligheten, som protokoll, ekonomihandlingar och fastighetshandlingar, är införtecknade i Jukkasjärvi kyrkoarkiv t.o.m. 1974. Fr.o.m. 1975 bildar samfälligheten ett eget arkiv, Kiruna kyrkliga samfällighets arkiv.

Gravböcker för Jukkasjärvi församling ingår i Kiruna kyrkliga samfällighets arkiv.