Junsele församling bildades under medeltiden. Församlingen var annexförsamling till Resele församling. 1830 beslutades dock att Junsele församling skulle utgöra eget pastorat. Den första kyrkoherden tillträdde dock först den 1 maj 1871.

Gulsele överfördes från Åsele församling till Junsele församling 1854. Länsindelningen ändrades dock först 1858 när Gulsele överfördes till Västernorrlands län.

Enligt kungligt brev den 12 juli 1861 lämnades tillstånd för Kläppsjö by i Anundsjö socken att i kyrkligt hänseende tillhöra Junsele socken.

Enligt kungligt brev den 22 juni 1864 fick hemmanet Gårelehöjden 1 i Junsele socken kyrkorätt i Ådals-Lidens socken.

Hemmanet Kläppsjö 1 överfördes enligt kungligt brev den 8 mars 1889 i kommunalt hänseende och i jordeboken från Anundsjö socken till Junsele socken. I samma beslut överfördes Degersjöberg 1890 i såväl kyrkligt som kommunalt hänseende och i jordeboken från Junsele socken till Anundsjö socken.

Enligt kungligt brev den 11 november 1892 har kronoskattehemmanen Norra Gultjäl 1, Södra Gultjäl 2 samt Hällby 1 fr.o.m. 1894 i kyrkligt, kommunalt, administrativt och judicellt hänseende överförts från Anundsjö socken till Junsele socken.

I Reseles husförhörslängd A I:1 upptas Bölen, Degersjö, Eden, Krånge, Lillegård, Mo (Junsele), Prästgården (Junsele), Västanbäck, Ås och Östanbäck. Alla byar tydligen tillhörande Junsele socken, med undantag av Ås, vars församlingstillhörighet inte kunnat fastställas.