Karl Gustavs församling bildades som ett kapellag genom utbrytning ur Nedertorneå församling. Församlingen hette då Karungi för att 1783 byta namn till Karl Gustavs församling. Församlingen omfattade ett område på båda sidor av Torne älv. I samband med freden efter 1808-1809 års krig överfördes den del som ligger öster om älven till Finland. Området bildade en församling med namnet Karungi församling, senare benämnt Karunki. Den del av församlingen som avträddes till Finland omfattade en tredjedel av landområdet och mer än hälften av befolkningen.

Kyrkbyn Karungi delades genom landavträdelsen i två delar, en svensk och en finländsk. På den finländska sidan uppfördes 1817 en kyrka, vilken enligt 1813 års gränsreglering tilldelades en del av inventarierna från kyrkan i svenska Karungi (se sockenstämmoprotokoll 19/1 1823 i K I:1).

Karl Gustavs församling ingick i pastorat med Nedertorneå församling (moderförsamling) fram till 1783 för att därefter bilda ett eget pastorat.

Den 1 januari 1992 bildade Nedertorneå-Haparanda församling och Karl Gustav församling gemensam kyrklig samfällighet, Haparanda kyrkliga samfällighet. Samfällighetens handlingar, bl.a. protokoll och räkenskaper, är införtecknade i Nedertorneå-Haparanda kyrkoarkiv.

En förteckning över alla i husförhörslängderna förekommande namnen på byar och gårdar med angivande av vilken församling byarna efter delningen av församlingen i en svensk och finländsk del kom att tillhöra finns inskannad som bilaga till arkivförteckningen.