Kvikkjokks församling utbröts ur Jokkmokks församling 1696. Församlingen blev moderförsamling i ett pastorat tillsammans med Jokkmokks församling. 1796 ändrades relationen mellan församlingarna i pastoratet och Jokkmokk blev moderförsamling. Kvikkjokk betraktades därefter som kapellförsamling till Jokkmokk fram till den 1 maj 1923 för att därefter utgöra ett kyrkobokföringsdistrikt inom Jokkmokks församling. Kyrkobokföringsdistriktet upphörde den 31 december 1975 och samtliga folkbokförda överfördes till de gemensamma kyrkböckerna för Jokkmokks församling, se Jokkmokks kyrkoarkiv.

Kvikkjokk har i äldre tid till viss del haft kyrkoböcker och andra handlingar gemensamma med Jokkmokk, se därför även Jokkmokks kyrkoarkiv. Fastighetshandlingar för Kvikkjokks kyrka och vissa andra handlingar finns från och med 1962 även i Jokkmokk, Porjus och Vuollerims församlingars kyrkliga samfällighets arkiv.