Sandarne församling har sitt ursprung i ett kapellag inom Söderhamns församling som bildades 1868. Serien med husförhörslängder börjar 1866. Kapellaget utbröts till kapellförsamling den 1 maj 1917.

Församlingen ingick i gemensamt pastorat med Söderhamns församling (moderförsamling). Församlingen har varit knuten till Söderhamns församling och har t.ex. aldrig haft egna huvudräkenskaper och fick först 1988 eget kyrkoråd. I Söderhamns kyrkoarkiv ingår handlingar om Sandarne församling.

Sandarne och Söderhamn utgjorde också en kyrklig samfällighet. När den bildades har vid enklare undersökning inte kunnat fastställas. Pastoratets och samfällighetens handlingar ingår i Söderhamns kyrkoarkiv.

Den 1 januari 1992 överfördes ett område med 1251 personer från Söderala församling till Sandarne församling. Av använd källa framgår inte vilka fastigheter som berördes.