Selångers församling har medeltida ursprung. 1624 utbröts Sundsvalls församling ur Selångers församling.

Församlingen var sedan medeltiden moderförsamling i ett gemensamt pastorat med Sättna församling. Sundsvalls församling ingick i pastoratet 1624-1822 för att 1822 bilda eget pastorat. Sättna församling bildade eget pastorat 1873 och Selångers församling var därefter eget pastorat.

Hemmanet Nacksta nr 1-2, vilket tillhört Selångers kommun och i jordeboken upptagits inom Selångers socken men räknats till Sundsvalls stadsförsamling, överfördes genom kungligt brev fr.o.m. 1885 i kyrkligt hänseende från Sundsvalls stad till Selångers socken.

Enligt länsstyrelsens beslut överfördes den 1 januari 1981 delar av Högom 3:115 och 3:178 inom Selångers jordregistersocken från Sundsvalls Gustav Adolfs församling till Selångers församling.

Enligt länsstyrelsens beslut överfördes den 1 januari 1982 delar av Söderåsen 3:38 inom Selångers jordregistersocken från Tuna församling till Selångers församling.

Vissa byars och gårdar har skiftat församlingstillhörighet:
Böle, senare i Sundsvalls församling, upptas i Selångers husförhörslängd A I:1
Sidsjön, senare i Sundsvalls församling, upptas i Selånger A I:1