Sidensjö församling utbröts på 1300-talet ur Nätra församling som en kapellförsamling. Från Sidensjö utbröts Skorpeds församling 1779.

Sidensjö församling tillhörde gemensamt pastorat med Nätra församling (moderförsamling) fram till 1500-talet för sedan bilda eget pastorat. I pastoratet ingick 1779-1868 även Skorpeds församling. Sidensjö församling bildade eget pastorat igen 1869.

Den 1 januari 1999 gick Sidensjö församling samman med Nätra församling i ett gemensamt pastorat med Nätra som moderförsamling. Samtidigt bildade församlingarna en kyrklig samfällighet. Samfällighetens handlingar är införtecknade i Nätra kyrkoarkiv.

De äldsta husförhörsböckerna för Sidensjö upptar följande byar och gårdar som senare kom att höra till Skorpeds församling:
Byvattnet, i Sidensjö husförhörsländ A I:2-3
Degersjö, i Sidensjö A I:2-7
Djupsjö, i Sidensjö A I:1-4 (överflyttad 1843 till Skorped)
Holm, i Sidensjö A I:1-2
Johannesberg, i Sidensjö A I:3
Lännäs, i Sidensjö A I:1-3
Lövsjön, i Sidensjö A I:3
Mosjö, i Sidensjö A I:1-2
Oppsjö, i Sidensjö A I:2-3
Sjöland, i Sidensjö A I:1-7
Skorped, i Sidensjö A I:1-3
Uberg, i Sidensjö A I:1-3
Uvsjö, i Sidensjö A I:3 (överflyttad 1885 enligt kungligt brev men upptagen i Skorpeds husförhörsböcker redan fr.o.m. A I:1)

I Skorpeds husförhörslängd A I:6 förekommer Myrbohöjden, som senare tillhörde Sidensjö.