Sköns församling har medeltida ursprung. Under medeltiden bröts Timrå församling ut ur Skön.

Den 22 juni 1883 utbröts Skönsmons församling (del av församlingen som är belägen söder om Sundsvallsfjärden) för att införlivas igen den 1 januari 1892. Skönsmon utbröts åter igen den 26 april 1905. Församlingen har egna husförhörslängder som börjar 1883 medan övriga kyrkböcker börjar 1890.

Sköns församling var moderförsamling i ett gemensamt pastorat med Alnö församling sedan medeltiden. Under medeltiden tillkom även Timrå församling i pastoratet. Åren 1883-1891 ingick även Skönsmon i pastoratet. Den 1 maj 1892 utbröts Alnö församling ur pastoratet och den 1 juni 1892 utbröts Timrå församling ur pastoratet.

Sköns församling utgjorde därefter till den 26 april 1905 eget pastorat för att därefter fram till 1947 var moderförsamling i ett gemensamt pastorat med Skönsmons församling. 1948 överfördes Skönsmons församling till ett pastorat med Sundsvalls församling och Sköns församling blev åter eget pastorat.

Del av Sköns församling överfördes enligt regeringsbeslut den 26 april 1974 till Sundsvalls Gustav Adolfs församling. Av använd källa framgår inte vilket område som berördes.

Beträffande vissa byars och gårdars förekomst i husförhörsböckerna kan följande nämnas.
Kyrkovallen eller Vallen upptas i A I:1, 3; jämför dock för övriga volymer med Prästgården och Klockargården.
Glasbruket upptas i A I:2-4.
Staverängen upptas i A I:3-4.
För Lill-, Neder- och Över Maland se även Maland.
För Sofiedal se även Prästgården.