Skönsmons församling utbröts ur Sköns församling (den del av församlingen som är belägen söder om Sundsvallsfjärden) den 22 juni 1883 för införlivas igen den 1 januari 1892. Skönsmon utbröts åter igen den 26 april 1905. Församlingen har egna husförhörslängder som börjar 1883 medan övriga kyrkböcker börjar 1890. För tiden innan hänvisas till Sköns kyrkoarkiv. I Sköns kyrkoarkiv finns även andra handlingar om Skönsmon, t.ex. om kyrkan.

Församlingen tillhörde ett pastorat med Sköns församling som moderförsamling till 1947 för att från 1948 ingå i gemensamt pastorat med Sundsvalls församling (från 1955 namnändrad till Sundsvalls Gustav Adolfs församling). Skönsmon inkorporerades 1948 i Sundsvalls stad.

I samband med att Sundsvalls församling och Skönsmons församling gick samman i ett gemensamt pastorat 1948 bildades en kyrklig samfällighet, se Sundsvalls Gustav Adolfs och Skönsmons kyrkliga samfällighets arkiv. I arkivet ingår protokoll, fastighetshandlingar, personalhandlingar och räkenskaper.

Den kyrkliga samfälligheten bildade ett särskilt arkiv för begravningsverksamheten, se Sundsvalls Gustav Adolfs och Skönsmons kyrkliga samfällighet. Griftegårdsnämndens arkiv. I arkivet ingår gravböcker samt övriga handlingar om begravningsverksamheten. Enstaka fastighetshandlingar ingår också i arkivet.