Stigsjö församling bildades under medeltiden. 1751 utbröts Västanå bruksförsamling, som sedan kom att uppgå i Viksjö församling, se Viksjö kyrkoarkiv.

Stigsjö församling ingick i ett gemensamt pastorat där Säbrå församling var moderförsamling. Övriga församlingar som ingick i pastoratet t.o.m. 1586 var Härnö församling och Häggdångers församling. Pastoratet omfattade 1586-1808 Säbrå, Stigsjö och Häggdångers församlingar. Från 1751 ingick även Västanå bruksförsamling och från 1771 också Viksjö församling.

1808 blev Stigsjö moderförsamling i ett gemensamt pastorat med Viksjö församling. I pastoratet ingick även Västanå bruksförsamling fram till dess att den införlivades i Viksjö 1868.

Från 1930-talet bildade Stigsjö-Viksjö pastorat ett eget arkiv, se Stigsjö och Viksjö pastorats arkiv. I arkivet ingår protokoll, fastighetshandlingar, personalhandlingar och räkenskaper.

Säbrå pastorat låg 1648-1808 som prebende under superintendenterna och biskoparna i Härnösands stift. 1808-1871 var Stigsjö pastorat prebende åt den äldre teologiska lektorn vid Härnösands gymnasium.

Stigsjö husförhörslängd A I:1 upptar vissa personer under Åvike bruk som tillhörde Hässjö församling. I samma volym upptas också Öjefors bruk jämte Öje.

Roten (och Lillroten) i Ljustorp har före 1850-talet skiftat tillhörighet mellan Ljustorp och Stigsjö.