Säbrå församling bildades under medeltiden. Under medeltiden utbröts Härnö församling.

På 1300-talet var Säbrå församling eget pastorat för att senare under medeltiden bli moderförsamling i ett pastorat där även Stigsjö församling och Härnö församling ingick. I början av 1500-talet tillkom även Häggdångers församling i pastoratet. På 1580-talet, när Härnösands stad anlades, utbröts Härnö församling från Säbrå pastorat till ett eget pastorat tillsammans med Härnösands församling. De två pastoraten hade dock gemensam kyrkoherde 1598-1603.

Efter utbrytning av Härnö församling bestod pastoratet 1586-1751 av Säbrå församling, Stigsjö församling och Häggdångers församling. 1751 tillkom Västanå bruksförsamling i pastoratet och 1771 Viksjö kapellförsamling.

1808 utbröts Stigsjö, Västanå och Viksjö till eget pastorat och Säbrå blev moderförsamling i gemensamt pastorat med Häggdånger till 1817 för att därefter utgöra ett eget pastorat till och med 1947. I pastoratet ingick dock Härnösands hospitalsförsamling 1845-1891.

Från och med 1948 var Säbrå moderförsamling i gemensamt pastorat med Häggdånger.  1962 tillkom även Hemsö församling i pastoratet.

Säbrå, Häggdångers och Hemsö församlingar bildade 1963 en kyrklig samfällighet. Samfälligheten utgör ett eget arkiv, se Säbrå, Häggdånger, Hemsö kyrkliga samfällighets arkiv. I samfällighetens arkiv ingår även gemensamma handlingar för Säbrå och Häggdångers pastorat 1948-1962. Bland annat ekonomi- och fastighetshandlingar ingår i samfällighetens arkiv. För Säbrås del ingår även enstaka fastighetshandlingar för tiden före 1948 i samfällighetens arkiv.

Säbrå pastorat jämte Härnösands pastorat blev 1647 prebende till superintendenten (senare biskopen) i Härnösands stift. 1808 utbröts Stigsjö och Häggdånger ur prebendet och istället lades Nora pastorat till. Prebendet upphörde 1888.

Gådeåstaden överfördes 1892 från Säbrå församling till Härnösands församling.

Del av Bondsjö by överfördes 1900 från Säbrå församling till Härnösands församling. Bondsjöstaden och Änget överfördes från Säbrå till Härnösand 1922.

Del av stadsäga 120 och del av Kilen 3:2 överfördes från Härnösands domkyrkoförsamling till Säbrå församling och del av stadsäga 639A överfördes från Säbrå till Härnösand den 1 januari 1981.