Viksjö församling utbröts från Västanå bruksförsamling 1771. Västanå bruksförsamling hade i sin tur utbrutits ur Stigsjö församling 1751. Något särskilt kyrkoarkiv för Västanå finns inte utan handlingarna ingår i Viksjö kyrkoarkiv. Västanå bruksförsamling uppgick 1868 i Viksjö församling.

Viksjö församling ingick i gemensamt pastorat 1771-1808 med Säbrå församling (moderförsamling), Häggdångers församling och Stigsjö församling.

1808 blev Stigsjö församling moderförsamling i ett gemensamt pastorat med Viksjö församling.

Från 1930-talet bildade Stigsjö-Viksjö pastorat ett eget arkiv, se Stigsjö och Viksjö pastorats arkiv. I arkivet ingår protokoll, fastighetshandlingar, personalhandlingar och räkenskaper.

Genom kungligt brev förordnades att hemmanet Lutmyran nr 1 och Tallåsen nr 1, vilka upptogs i Gudmundrå mantalslängd och husförhörsbok men begagnat kyrkogång i Viksjö kyrka, skulle från 1886 överflyttas såväl i kyrkligt och kommunalt hänseende som i jordeboken från Gudmundrå till Viksjö.

Vissa byar och gårdar har haft skiftande församlingstillhörighet och kan över tid återfinnas i flera församlingars husförhörslängder.
- Abboråsen i Graninge socken upptas i Viksjö husförhörslängder A I:1-3 och återfinns även i Graninge husförhörslängder A I:2 och 4.
- Bastusjö(berget) i Graninge socken upptas i Viksjö husförhörslängder A I:2-3 och återfinnes även i Graninge husförhörslängder A I:2 och 4.
- Lutmyran upptas i Viksjö husförhörslängder A I:2-3 och återfinns även i Gudmundrå husförhörslängd A I:3.
- Tallåsen upptas i Viksjö husförhörslängd A I:1 och återfinns även i Gudmundrå husförhörslängd A I:3.