Åmots församling utbröts ur Ugglebo (Ockelbo) församling 1785 som en bruksförsamling. De äldsta kyrkoböckerna är från 1797/1798.

Åmots församling ingick i gemensamt pastorat med Ockelbo församling (moderförsamling). I pastoratet ingick från den 1 januari 1974 även Lingbo församling. Namnet på det nya pastoratet blev Ockelbo, Åmots och Lingbo församlingars pastorat. 1995 bildade de tre församlingarna även en kyrklig samfällighet med gemensam ekonomi. Pastoratets och samfällighetens handlingar bildar ett eget arkiv, se Ockelbo pastorats arkiv. Arkivet omfattar huvudsakligen åren 1933-1999.

Enligt kungligt brev den 12 maj 1916 överfördes Flybo från Hanebo församling till Åmots församling.

Vissa byar har haft skiftande församlingstillhörighet. Följande byar som senare tillhör Bollnäs församling finns upptagna Åmots husförhörslängder:
Holmsbo upptas i A I:1
Katrineberg upptas i A I:1
Gammelåsen upptas i A I:2