Överkalix församling utbröts ur Kalix församling (senare kallad Nederkalix) 1637.

Den 1 januari 1939 delades Överkalix församling i två kyrkobokföringsdistrikt:
- Överkalix nedre kyrkobokföringsdistrikt, som 1966 ändrade namn till Överkalix kyrkobokföringsdistrikt. Distriktets handlingar ingår i Överkalix kyrkoarkiv
- Överkalix övre kyrkobokföringsdistrikt, som 1966 ändrade namn till Lansjärvs kyrkobokföringsdistrikt, se Lansjärvs kyrkoarkiv

Kyrkobokföringsdistrikten upphörde med utgången av 1978 och de folkbokförda överfördes till gemensamma kyrkböcker för Överkalix församling (Överkalix kyrkoarkiv).

Överkalix församling ingick i gemensamt pastorat med Kalix församling (moderförsamling) 1637-1644. Överkalix utgjorde därefter ett eget pastorat.

En mindre del av Överkalix överfördes 1856 till Korpilombolo då nybildade församling. I använd källa framgår inte vilket område som berördes av förändringen.

Ett till Överkalix socken hörande område omslöts av Hietaniemi och Övertorneå socknar.

Överkalix kyrkoböcker upptar även många byar och gårdar från de socknar som gränsar till församlingen. Till arkivförteckningen finns ett skannat register över de byar och gårdar som upptas i Överkalix husförhörsböcker. Registret innehåller information om byn/gården senare överförts till annan församling.