Vissa handlingar i arkivet kan omfattas av sekretess. Det gäller Hemliga arkivet, Kartor och ritningar samt Person- och handarkiv. En sekretessprövning ska göras innan handlingar kan lämnas ut.
Serie J, Kartor och ritningar, kan innehålla hemliga uppgifter. En sekretessprövning ska göras enligt OSL Kap 18:8 (Anläggningssekretess, gäller så länge anläggningen är i bruk) innan uppgifter lämnas ut.