Genom kungl. brev av den 29 juni 1692 utskildes ekonomiförvaltningen från kollegiet och organiserades amiralitetsstats- och kammarkontoret för amiralitetsmedlens indrivande, förvaltning och disposition. Kontoret ställdes direkt under amiralgeneralen. Under honom leddes det av överkommissarien och kamreraren. Kollegiet och kommissariatet kunde vid behov sammanträda till gemensam överläggning. Kommunikationen mellan de båda myndigheterna synes dock huvudsakligen ha skett skriftligen. Amiralitetsstatskammarkontoret ställdes genom kungl. brev av den 12 april 1715 under kollegiet. Genom kungl. brev av den 3 juni 1717 upprättades amiralitetskommissariatet. Genom regeringsformen 1719 återupprättades amiralitetsstatskammarkontoret enligt 1692 års bestämmelser. Det ombildades den 12 april 1722 till amiralitetsgeneralkommissariatet med starkare självständig ställning än förut. I spetsen för kommissariatet stod en amiral som direktör och tvenne överkommissarier. De olika kontoren ställdes under dess styrelse. Genom kungl. brev av den 28 februari 1728 förklarades, att kollegiet ägde allmänt inseende över hela amiralitetet och således även över kommissariatet och dess ärenden. Genom kungl. brev av den 7 april 1730 gavs närmare bestämmelser härom. Genom kungl. brev av den 11 juli 1732 upphävdes kommissariatet och dess befogenheter tillades kollegiet. Arkiven överlämnades 1915 till riksarkivet från flottans arkiv på Skeppsholmen. (Naumann)