För tiden före 1805 återfinnas de utgående expeditionerna i Militieärenden i Kansliets registraturserie. För åren 1805-1831 bära volymerna påskriften Civila departementets registratur, ehuru de endast innehålla militiekontorets utgående expeditioner och dessutom bestå av inbundna brevkoncept. 1832 års volym bär titeln "1832 års registratur för IndelningsContoirsmålen", medan volymerna 1833-1865 bära påskriften brevkoncept.
Memorialkoncepten för tiden fram till 1742 förekomma även i den under E förtecknade memorialserien: Avgjorda mål. För tiden 1725-1730 återfinnas Memorialkoncept i husesynsärenden i motsvarande konceptserie på husesynskontoret. I serien påträffas även enstaka originalmemorial med bilagda remisser (ang originalmemorial se anm till serien: Avgjorda mål). Med 1747 försvinna memorialkoncepten för åtskilliga år framåt, förmodligen emedan numera de utgående originalmemorialen i regel arkiverades på kontoret.
Dessa diarier utgöra endast en utvidgning av Kansliets annotationsböcker för Civila depatementets 1. avdelning med samma uppställning ochnummerföljd. Utöver dessa ange de egentligen endast om målet kan läggas ad acta eller skall handläggas av indelningskontoret. De tre första volymerna kallas annotationsböcker, de övriga diarier.
Remissböckerna lämna även uppgift om de av remisserna föranledda memorialen. I vissa fall ha kontorets memorial uppförts på remissidan, tydligen då egentlig remiss ej förelegat utan memorialen föranletts av exempelvis insända regements- räkenskaper. Diarienummren äro på en gång remiss- och memorialnummer, vilka påstämplades såväl remissen som memorialet. Åren 1780-1806 saknas remissböcker. För en del av denna tid, 1790-1804, finnas en serie förteckningar på mål inkomna till Civila departementet, vilka uppställts under C II e Diverse diarier. Fr o m 1806 ange volymerna två diarienummer, varav det övre motsvarar numret för Civila departementets 1. avdelning i kansliet och det undre är kontorets gemensamma remiss- och memorialnummer. Volymerna för åren 1821-1832 bära titeln Remissbok för indelningskontoret. 1833 års volym kallas "Diarium för Indelnings- och boställsContoiret" och volymerna 1834-1838 "Diarium för Kamreraregöromålen uti Indelnings- och BoställsContoiret.
Serien upplades under den tid Militiekontoret sorterade under Kammarkollegium. De första volymerna innehåller löneavräkningar med officerare m m, men vid sidan härav även anteckningar om från Kammarkollegiet och Statskontoret utgående brev. Fr o m volymen 1695 innehåller serien endast uppgifter om vissa från Kammarkollegiet, Statskontoret - efter 1715 Krigskollegiet och Stadskontoret - m fl ämbetsverk utgående brev och assignationer, vilka annoterats i Militiekontoret. Detta står troligen i samband med Militiehuvudbokens avslutande. 1715 års volym kallas "Memorialbok uti Militiekontoret vid militiehuvudboksavslutningsverket".
Beteckningen avgjorda mål är såtillvida oegentlig som målen icke avgjorts inom kontoret utan före 1715 inom Kammarkollegiet, 1715-1781 inom Krigskollegiets plenum och 1781-1865 inom Civila departementet och dess fortsättningar. Serien har inom kontoret från början upplagts som memorialserie innehållande Militiekontorets utgående memorial med förslag till olika ärendens handläggning, ställda före 1715 till Kammarkollegium och därefter till Krigskollegium. De första volymerna 1703-1723 innehålla originalmemorial samt bilaga remisser från kollegiet. Även enstaka konceptmemorial förekomma. Under tiden 1720-1743 ingå emellertid som regel originalmemorialen och remisserna i Kansliets brevböcker, medan Militiekontorets memorialserie består av konceptmemorial med enstaka originalmemorial och remisser. 1743 förändras praxis i det att originalmemorialen och remisserna återgå till kontorets serie. Konceptmemorialen bindas nu t o m år 1747 i särskilda band - uppställda under B och upphöra därefter. (Se anm ang memorialkoncepten). Efter 1743 fortsätter originalmemorialserien till 1865 med i huvudsak samma bestånd - originalmemorialen och remisser. Dock ha remissernas antal ökats och ad acta handlingar tillkommit. För de år då volymerna saknas sväller supplementserien i regel ut, antingen i denna ingå ev slaktade volymer eller handlingarna för dessa år ej bundits.
Militiekontoret handlade ärenden rörande utarranderandet av kronans militieboställen. Arrendeakterna, som vid äldre ordnings- och förteckningsarbeten placerats på husesynskontoret, ha nu till största delen (jfr nedan) proveniensenligt överförts till militiekontoret och där ordnats i två serier. Huvudparten bildar en serie /serie I/, som på krigsarkivet ordnats regementsvis och alfabetiskt inom varje regemente. Den andra serien /serie II/ består av akter, var och en oftast innehållende handlingar hänförande sig till flera boställen. Dessa akter äro ordnade regementsvis och varje akt har försetts med ett nummer inom regementet. Till båda serierna har upplagts ett alfabetiskt namnregister. Vid hänvisning i detta register till enbart regemente och årtal avses den förstnämnda serien, vid hänvisning till regemente, årtal och nummer till den sistnämnda serien. En del arrendeakter återfinnas fortfarande i husesynkontorets arkiv, supplement till husesynsinstrument /E V/. Till dessa akter finnas hänvisningar i namnregister /på gula kort/.
Alla i serien ingående volymer äro paginerade i omedelbar anslutning till Militiehuvud- böckerna (originalen), varför de börja med hög paginering, omkring 300-500.
De likvidationsmål, som avgjorts av militiekontoret återfinnas i en akt och regementsvis ordnad serie inom samlingen "Likvidationer: Stora nordiska kriget". Denna serie "Likvidationer, uppgjorda inom Krigskollegii militiekontor" hör proviniensmässigt hemma i Militiekontorets arkiv men har av praktiska skäl placerats i ovannämnda samling.
Omfattar från värvade regementen insända uppgifter på portions priser och utspisningsstater jämte protokollsutdrag från intendentsavdelningen och yttranden av avlöningskontoret. Föranlett av Kungl brev 1855-07-19 angående gemensam spisordning för värvade regementen.
Denna samling huvudböcker består såväl av till kammaren insända som till kammararkivet sedermera överlämnade huvudbokskopior. Det förekommer även exemplar, vilka troligen kvarblivit i krigskollegium.