Området som senare skulle bli Hamra församling var till 1846 en del av Orsa församling. Området överfördes den 1 november 1846 till Los församling. Området räknades dock även fortsättningsvis som tillhörande Kopparbergs län fram till 1863 för att därefter överföras till Gävleborgs län.

Hamra bildade inom Los församling den 3 april 1855 ett kapellag. Enligt kungligt brev den 8 augusti 1931 blev Hamra annexförsamling till Los församling.

Hamra församling bildade tillsammans med Los församling (moderförsamling) gemensamt pastorat fram till 1994. Därefter ingick församlingarna i pastoratet Färila, Kårböle, Los och Hamra. Färila församling var moderförsamling.

Los och Hamra församlingar bildade 1932-1994 en kyrklig samfällighet. Samfällighetens handlingar ingår i Los kyrkoarkiv.

I samband med ändringen av pastoratet 1995 bildades Färila, Kårböle, Los och Hamra kyrkliga samfällighet. Samfällighetens handlingar ingår i Färila kyrkoarkiv.

Den 6 november 1936 överfördes ett litet område från Hamra kronopark i Hamra församling, Gävleborgs län till Orrmo i Lillhärdals församling, Jämtlands län.

Fram till och med 1936 ingår Hamra kapellags kyrkböcker i Los kyrkoarkiv, med undantag för första församlingsboken som börjar 1933.