Jämfört med Uppsala domkapitels arkiv I är detta arkiv mer begränsat till innehållet. Domkapitlens ändrade befogenheter och samhällsroll speglas bl.a. i avsaknaden av skolhandlingar och skilsmässoärenden. Centrala handlingstyper är protokoll med bilagor (A 1), visitationshandlingar (F 4 A–B) och pastoratsordnade handlingar (F 6 A), liksom personakter och andra personalhandlingar (F 8–F 11).
System of arrangement
Uppsala domkapitels arkiv II är i stort sett i det skick som när det levererades till landsarkivet. Smärre justeringar gjordes i samband med omordnandet av Uppsala domkapitels arkiv I under 2017–2018. Den mest märkbara förändringen utgörs av överflyttandet av prästmöteshandlingar som tidigare felaktigt varit inordnade i Uppsala domkapitels arkiv I. Denna förändring finns dokumenterad i en konkordans gällande nuvarande serie F 5 a i Uppsala domkapitels arkiv II.
Fr.o.m. 1963 gällande arkivbildnings-, förtecknings- och gallringsbestämmelser återfinns i Riksarkivets föreskrifter rörande domkapitlens arkivvård fr.o.m. 1963, fastställda 1962-12-15. Ytterligare gallringsföreskrifter tillkom 1985 och 1989 (Riksarkivets gallringsbeslut 1985:96 samt 1989:35).
Diarieplansgrupp A. Ny diarieplan tillämpas fr o m 1989. Ärendegrupper betecknas med siffror. Instruktion, anslagsärenden och övriga ärenden benämns med 00.
Diarieplansgrupp B. Ny diarieplan tillämpas fr o m 1989. Ärendegrupperna betecknas med siffror. Församlingar, pastorat och kontrakt benämns med siffrorna 01, 011, 014, 019 o s v.
Diarieplansgrupp D. Ny diarieplan tillämpas fr o m 1989. Ärendegrupperna betecknas med siffror. Gudstjänster och andra kyrkliga förrättningar benämns med siffrorna 20, 21, 23 o s v.
Diarieplansgrupp E. Ny diarieplan tillämpas fr o m 1989. Ärendegrupper betecknas med siffror. Ansökningar om stiftskollekt och ändrad kollektdag benämns med 31, 32, 39, övriga ärenden.
Diarieplansgrupp H. Ny diarieplan tillämpas fr o m 1989. Ärendegrupper betecknas med siffror. Fastighets- och byggnadsärenden betecknas 5, 50, 51, 59. Handlingar för åren 1984-1989 saknas.
Diarieplansgrupp L. Ny diarieplan tillämpas fr o m 1989. Ärendegrupperna betecknas med siffror. Fonder, stiftelser och kassor benämns 61, 611, 62, 69 o s v.
Diarieplansgrupp M. Ny diarieplan tillämpas fr o m 1989. Ärendegrupperna betecknas med siffror. Ärenden rörande anordnings-, bokförings- och kassaväsendet benämns med 69.
Åren 1963-1989 saknas. Eventuellt gallrat vid okänd tidpunkt.
Diarieplansgrupp Ö. Ny diarieplan tillämpas fr o m 1989. Ärendegrupperna betecknas med siffror. Övriga domkapitelsärenden (kyrkomöte, prästmöte, visitationer m.m.) benämns 9.