Karesuando församling bildades med namnet Enontekis församling genom utbrytning ur Övertorneå församling och omfattade då ett stort område som också inkluderade delar av nuvarande Finland.

Från Enontekis församling utbröts 1606 Simojärvi församling (senare kallad Jukkasjärvi församling) och 1673 Kautokeino församling och Utsjoki församling.

I samband med att Finland avskiljdes från Sverige 1809 kom Enontekis församling att ligga både i Sverige och Finland. Kyrkan låg på den finländska sidan. År 1813 delades församlingen i två stycken, en i Finland och en i Sverige. Båda församlingarna hade samma namn. Den svenska församlingen bytte 1907 officiellt namn till Karesuando församling. Båda namnen hade sedan församlingsdelningen använts parallellt.

Den 1 januari 1995 överfördes ett område från Karesuando församling till Vittangi församling.

Karesuando församling utgjorde först ett eget pastorat för sedan bli moderförsamling i pastoratet med Jukkasjärvi församling 1606. Mellan 1614-1647 var församlingen annexförsamling i pastoratet Nedertorneå, Enontekis och Simojärvi/Jukkasjärvi som från 1647 också omfattade Torneå församling. 1673 blev Karesuando församling annexförsamling i ett pastorat tillsammans med Jukkasjärvi. Från och med 1747 blev församlingen ett eget pastorat. Under åren 1810-1813 var dock församlingen moderförsamling i ett pastorat tillsammans med Muonio församling.

Karesuando församling bildade 1971 en kyrklig samfällighet med Jukkasjärvi och Vittangi församlingar; Jukkasjärvi, Vittangi och Karesuando församlingars kyrkliga samfällighet. 1983 ändrades namnet till Kiruna kyrkliga samfällighet.

Gemensamma handlingar för samfälligheten, som protokoll, ekonomihandlingar och fastighetshandlingar, är införtecknade i Jukkasjärvi kyrkoarkiv t.o.m. 1974. Fr.o.m. 1975 bildar samfälligheten ett eget arkiv, Kiruna kyrkliga samfällighets arkiv.